Le site de Fleurie était déjà occupé vers l’an 1000 lorsque l’Abbaye d’Arpayé s’installe sur son territoire,
où la culture de la vigne existe déjà.
Le Bourg actuel semble de formation plus tardive et était certainement occupé par un grand domaine possédant une église à son usage : Saint-Martin.
Sous Louis XVI et la Révolution, une crise religieuse s’installe. Les prêtres désertent Fleurie, puis reviendront en 1791.
La construction de la Chapelle de la Madone sur une des collines dominant Fleurie voit le jour au moment de la guerre de 1870.
Une version veut que cette chapelle soit construite en 1866 à la suite d’un voeu des habitants fait à la vierge pour lutter contre la maladie de la vigne « l’oïdium ». Mais l’hypothèse la plus vraisemblable est que cet édifice serait apparu après 1870, à la suite d’un voeu pour que les Prussiens n’envahissent pas Fleurie.
Le XIXème siècle est une période où Fleurie s’organise et se reconstruit. C’est aussi le temps des grandes maladies de la vigne : pyrale, oïdium, mildiou et phylloxera, insectes ou champignons ont affaibli la vie économique du pays et même failli coûter l’existence de la culture de la vigne.
Un autre fait marquant la vie de la commune est la constitution d’une cave coopérative en 1927. C’est la première coopérative qui s’est installée dans le Beaujolais et parmi les sept présidents qui se sont succédés depuis sa création, il faut retenir le nom de Mademoiselle Marguerite Chabert, personnalité très marquante de Fleurie.
